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Cuisery fait partie de la Bresse louhannaise. Le canton est situé aux limites sud du département de la Saône-et-Loire, ainsi qu'aux limites de la région Bourgogne, mais aussi aux limites méridionales des parlers d’oïl. Les patois de cette partie du val de Saône sont très influencés par les dialectes franco-provençaux.
Le village surplombe la Seille, qui forme la limite orientale de la commune.